Utendaji wa majaribio manne ya ukuzaji wa asidi ya nukleiki kutambua SARS-CoV-2 nchini Ethiopia

Asante kwa kutembelea Nature.com. Unatumia toleo la kivinjari lenye uwezo mdogo wa kutumia CSS. Kwa matumizi bora zaidi, tunapendekeza utumie kivinjari kilichosasishwa (au uzime Hali ya Upatanifu katika Internet Explorer). Kwa kuongeza, ili kuhakikisha usaidizi unaoendelea, tunaonyesha tovuti bila mitindo na JavaScript.
Huonyesha jukwa la slaidi tatu kwa wakati mmoja. Tumia vitufe vilivyotangulia na Vifuatavyo ili kupitia slaidi tatu kwa wakati mmoja, au tumia vitufe vya kutelezesha vilivyo mwishoni ili kupitia slaidi tatu kwa wakati mmoja.
Tangu mlipuko wa ugonjwa wa coronavirus (COVID-19) wa 2019, majaribio mengi ya kukuza asidi ya nukleiki ya kibiashara (NAATs) yametengenezwa kote ulimwenguni na kuwa majaribio ya kawaida. Ingawa vipimo kadhaa vilitengenezwa haraka na kutumika kwa vipimo vya uchunguzi wa maabara, utendaji wa vipimo hivi haujatathminiwa katika mipangilio mbalimbali. Kwa hivyo, utafiti huu ulilenga kutathmini utendakazi wa majaribio ya Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI, na Sansure Biotech kwa kutumia Kiwango cha Marejeleo cha Mchanganyiko (CRS). Utafiti huo ulifanywa katika Taasisi ya Afya ya Umma ya Ethiopia (EPHI) kuanzia tarehe 1 hadi 30 Desemba 2020. Sampuli 164 za nasopharyngeal zilitolewa kwa kutumia vifaa vidogo vya QIAamp RNA na mfumo wa kuandaa sampuli ya DNA ya Abbott. Kati ya vielelezo 164, 59.1% vilikuwa vyema na 40.9% vilikuwa hasi kwa CRS. Usanifu wa kibayoteki wa Sansure ulikuwa chini sana ikilinganishwa na CRS (p <0.05). Usanifu wa kibayoteki wa Sansure ulikuwa chini sana ikilinganishwa na CRS (p <0.05). Положительные результаты Sansure Biotech были значительно ниже по сравнению с CRS (p <0,05). Matokeo chanya ya Sansure Biotech yalikuwa chini sana ikilinganishwa na CRS (p <0.05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p <0.05）.与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p <0.05）. У Sansure Biotech было значительно меньше положительных результатов по сравнению с CRS (p <0,05). Sansure Biotech ilikuwa na matokeo machache chanya ikilinganishwa na CRS (p <0.05).Makubaliano ya jumla ya uchanganuzi nne yalikuwa 96.3–100% ikilinganishwa na CRS. Kando na kiwango cha chini cha chanya cha jaribio la Sansure Biotech, utendakazi wa majaribio manne ulikuwa karibu kulinganishwa. Kwa hivyo, jaribio la Sansure Biotech [Utafiti Pekee (RUO)] linahitaji uthibitisho wa ziada kwa matumizi yake nchini Ethiopia. Hatimaye, utafiti wa ziada unapaswa kuzingatiwa ili kutathmini majaribio na madai yanayofaa ya mtengenezaji.
Upimaji wa kimaabara ni sehemu ya Mpango Mkakati wa Shirika la Afya Duniani (WHO) kwa ajili ya Ugonjwa wa Virusi vya Korona 2019 (COVID-19) Maandalizi na Mwitikio (SPRP). WHO inashauri kwamba nchi zinahitaji kujenga uwezo wa kimaabara ili kuboresha utayarishaji, usimamizi sahihi wa kesi, umakini na majibu ya haraka kwa changamoto za afya ya umma. Hii inaonyesha kwamba jukumu la maabara ni muhimu katika kubainisha ugonjwa na epidemiolojia ya mawakala wanaoibuka wa kuambukiza na kudhibiti kuenea kwao.
Utambuzi wa COVID-19 unahitaji maelezo ya magonjwa na matibabu, dalili/ishara za kibinafsi, na data ya radiografia na maabara2. Tangu kuzuka kwa COVID-19 kuripotiwa huko Wuhan, Uchina, majaribio mengi ya kukuza asidi ya nukleiki ya kibiashara (NAATs) yametengenezwa kote ulimwenguni. Reverse transcription polymerase chain reaction (rRT-PCR) imetumika kama njia ya kawaida na ya kawaida ya uchunguzi wa kimaabara wa maambukizi makali ya njia ya upumuaji 2 (SARS-CoV-2)3. Ugunduzi wa molekuli ya SARS-CoV-2 kwa kawaida hutegemea N (jeni la protini ya nucleocapsid), E (jeni la protini ya bahasha), na RdRp (jeni la RNA polymerase inayotegemea RNA) katika ORF1a/b (fremu ya kusoma wazi 1a/b) . gene) eneo lililotambuliwa kutoka kwa jenomu ya virusi. Zinachukuliwa kuwa mikoa kuu iliyohifadhiwa inayopatikana katika jenomu za virusi kwa utambuzi wa virusi4. Miongoni mwa jeni hizi, jeni za RdRp na E zina unyeti wa juu wa utambuzi wa uchanganuzi, wakati jeni ya N ina unyeti wa chini wa uchanganuzi5.
Utendaji wa vipimo vya PCR unaweza kutofautiana kulingana na mambo mbalimbali kama vile: vitendanishi vya uchimbaji, vitendanishi vya ukuzaji/ugunduzi, njia ya uchimbaji, ubora wa mashine ya PCR na ala zingine. Kufikia Aprili 2020, zaidi ya vifaa 48 tofauti vya uchunguzi kutoka nchi tisa vimepokea Uidhinishaji wa Matumizi ya Dharura (EUA) kwa ajili ya uchunguzi wa COVID-196. Nchini Ethiopia, zaidi ya majukwaa 14 ya wakati halisi ya PCR yanatumika kutambua PCR ya SARS-CoV-2 katika taasisi 26 za afya za umma, zikiwemo ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 na Quant-studio7. Kwa kuongezea, vifaa mbalimbali vya majaribio vya PCR vinapatikana, kama vile jaribio la Daan Gene, jaribio la Abbott SARS-CoV-2, jaribio la Sansure Biotech, na jaribio la SARS-CoV-2 BGI. Ingawa rRT-PCR ni nyeti sana, baadhi ya wagonjwa walio na COVID-19 huripoti matokeo hasi ya uwongo kwa sababu ya uhaba wa nakala za asidi ya ribonucleic ya virusi (RNA) katika sampuli kutokana na ukusanyaji, usafirishaji, uhifadhi na utunzaji usiofaa, na upimaji wa maabara. masharti na matendo ya wafanyakazi8. Zaidi ya hayo, sampuli au udhibiti usiofaa, mpangilio wa kizingiti cha mzunguko (Ct), na utendakazi mtambuka na asidi nyingine za nukleiki za pathogenic au SARS-CoV-2 RNA isiyofanya kazi/mabaki inaweza kusababisha matokeo chanya ya uwongo katika majaribio ya rRT-PCR9. Kwa hivyo, ni wazi kwamba vipimo vya PCR vinaweza kutambua wabebaji wa vipande vya jeni, kwani haviwezi hata kutofautisha kati ya jeni za virusi vilivyo hai, kwa hivyo vipimo vinaweza kutambua wabebaji tu na sio wagonjwa10. Kwa hivyo, ni muhimu kutathmini utendaji wa uchunguzi kwa kutumia mbinu za kawaida katika mpangilio wetu. Ingawa vitendanishi vingi vya NAAT vinapatikana katika Taasisi ya Afya ya Umma ya Ethiopia (EPHI) na kote nchini, hakuna tathmini linganishi ya ufanisi wao bado imeripotiwa. Kwa hivyo, utafiti huu ulilenga kutathmini utendakazi linganishi wa vifaa vinavyopatikana kibiashara kwa utambuzi wa SARS-CoV-2 na rRT-PCR kwa kutumia sampuli za kimatibabu.
Jumla ya washiriki 164 walioshukiwa kuwa na COVID-19 walijumuishwa katika utafiti huu. Sampuli nyingi zilitoka katika vituo vya matibabu (118/164 = 72%), wakati washiriki 46 (28%) waliobaki walitoka vituo visivyo vya matibabu. Miongoni mwa washiriki ambao hawakutibiwa katika kituo hicho, 15 (9.1%) walikuwa na kesi zinazoshukiwa kimatibabu na 31 (18.9%) walikuwa na mawasiliano ya kesi zilizothibitishwa. Washiriki tisini na watatu (56.7%) walikuwa wanaume, na wastani (± SD) umri wa washiriki ulikuwa miaka 31.10 (± 11.82).
Katika utafiti huu, viwango vya chanya na hasi vya majaribio manne ya COVID-19 vilibainishwa. Kwa hivyo, viwango chanya vya jaribio la Abbott SARS-CoV-2, jaribio la Daan Gene 2019-nCoV, jaribio la SARS-CoV-2 BGI, na jaribio la Sansure Biotech 2019-nCoV vilikuwa 59.1%, 58.5%, 57.9% na 55.5% mtawalia. . Alama chanya na hasi za marejeleo ya mchanganyiko (CRS) zilikuwa 97 (59.1%) na 67 (40.9%), mtawalia (Jedwali 1). Katika utafiti huu, ufafanuzi wa CRS ulitokana na kanuni ya "yoyote chanya", ambapo kati ya matokeo manne ya mtihani, matokeo mawili au zaidi ya mtihani yaliyotoa matokeo sawa yalizingatiwa kuwa chanya au hasi ya kweli.
Katika utafiti huu, tulipata makubaliano ya asilimia hasi (NPA) ya 100% (95% CI 94.6–100) kwa uchanganuzi wote ikilinganishwa na CRS. Uchambuzi wa Sansure Biotechnology ulionyesha PPA ndogo ya 93.8% (95% CI 87.2-97.1) na uchambuzi wa Daan Gene 2019-nCoV ulikuwa na makubaliano ya jumla ya 99.4% (95% CI 96.6-99.9). Kinyume chake, makubaliano ya jumla kati ya jaribio la SARS-CoV-2 BGI na jaribio la Sansure Biotech 2019-nCoV lilikuwa 98.8% na 96.3%, mtawalia (Jedwali 2).
Mgawo wa kappa wa Cohen wa makubaliano kati ya matokeo ya jaribio la CRS na Abbott SARS-CoV-2 ulikuwa thabiti kabisa (K = 1.00). Vile vile, thamani za kappa za Cohen zilizogunduliwa na Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI, na Sansure Biotech 2019-nCoV pia zinalingana kikamilifu na CRS (K ≥ 0.925). Katika uchanganuzi huu wa kulinganisha, jaribio la chi-square (jaribio la McNemar) lilionyesha kuwa matokeo ya majaribio ya Sansure Biotech 2019-nCoV yalikuwa tofauti sana na matokeo ya CRS (p = 0.031) (Jedwali la 2).
Kama inavyoonyeshwa kwenye Mtini.Asilimia 1 ya thamani ya chini kabisa ya Ct (< 20 Ct) ya kipimo cha Abbott SARS-CoV-2 (iliyojumuishwa RdRp na N gene) ilikuwa 87.6% na thamani ya Ct ya gene ya ORF1a/b ya Sansure Biotech 2019-nCoV ilionyesha kuwa asilimia ya kipimo cha chini. Thamani ya Ct (< 20 Ct) ilikuwa 50.3% na thamani ya juu ya Ct (36–40 Ct) ilikuwa 3.2%. Asilimia 1 ya thamani ya chini kabisa ya Ct (< 20 Ct) ya kipimo cha Abbott SARS-CoV-2 (iliyojumuishwa RdRp na N gene) ilikuwa 87.6% na thamani ya Ct ya gene ya ORF1a/b ya Sansure Biotech 2019-nCoV ilionyesha kuwa asilimia ya kipimo cha chini. Thamani ya Ct (< 20 Ct) ilikuwa 50.3% na thamani ya juu ya Ct (36–40 Ct) ilikuwa 3.2%.Kama inavyoonyeshwa kwenye Mtini.1. 2019-nCoV показало что процент низкого значения Ct (< 20 Ct) составлял 50,3%, а высокое значение Ct (36–40 Ct) составляло 3,2%. 1, asilimia ya thamani ya chini kabisa ya Ct (< 20 Ct) uchanganuzi wa Abbott SARS-CoV-2 (jeni iliyojumuishwa RdRp na N) ilikuwa 87.6%, na thamani ya Ct ya uchambuzi wa jeni wa ORF1a/b wa Sansure Biotech 2019-nCoV ilionyesha. kwamba asilimia ya thamani ya chini ya Ct (< 20 Ct) ilichangia 50.3%, na thamani ya juu Ct (36–40 Ct) ilichangia 3.2%.如图1 所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比（< 20 Ct）为187.6 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比為50.3%，高Ct 值(36–40 Ct) 的百分比为3. Kama inavyoonyeshwa kwenye Mchoro wa 1, asilimia ya chini kabisa ya thamani ya Ct (< 20 Ct) ya jaribio la Abbott SARS-CoV-2 (mchanganyiko wa jeni la RdRp na N) ni 87.6%, thamani ya ORF1a/b ya jeni Ct ya jaribio la Sansure Biotech 2019-nCoV. inaonyesha Ct 值(< 20 Ct) asilimia ya chini ni 50.3%,高Ct 值(36–40 Ct) 的 asilimia ni 3.2%. Kama ilivyoelezwa kwenye рисунке 1, анализ Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий гены RdRp и N) имел самое низкое процентное значение Ct (< 20 Ct%, 8 Ct) , 8 % гена ORF1a/b в исследовании Sansure Biotech 2019- Анализ nCoV показал низкий Ct. Kama inavyoonyeshwa kwenye Mchoro wa 1, kipimo cha Abbott SARS-CoV-2 (kuchanganya jeni za RdRp na N) kilikuwa na asilimia ya chini kabisa ya thamani ya Ct (<20 Ct) kwa 87.6%, wakati thamani ya Ct ya jeni ORF1a/b katika Sansure. Utafiti wa kibayoteki 2019 - Uchambuzi wa nCoV ulionyesha kiwango cha chini cha Ct. Процент значений (< 20 Ct) составил 50,3%, а процент высоких значений Ct (36–40 Ct) составил 3,2%. Asilimia ya thamani (<20 Ct) ilikuwa 50.3%, na asilimia ya maadili ya juu ya Ct (36-40 Ct) ilikuwa 3.2%.Jaribio la Abbott SARS-CoV-2 B lilirekodi maadili ya Ct zaidi ya 30. Kwa upande mwingine, kwa BGI SARS-CoV-2 assay ORF1a/b gene alikuwa high thamani Ct (> 36 Ct) asilimia ilikuwa 4% (Mtini. 1). Kwa upande mwingine, kwa BGI SARS-CoV-2 assay ORF1a/b gene alikuwa high thamani Ct (> 36 Ct) asilimia ilikuwa 4% (Mtini. 1). С другой стороны, katika анализе BGI SARS-CoV-2 katika ORF1a/b maoni высокое значение Ct (> 36 Ct), процент которого составлял 4% (mst. 1). Kwa upande mwingine, katika uchanganuzi wa BGI SARS-CoV-2 gene ORF1a/b ilikuwa na thamani ya juu ya Ct (> 36 Ct), asilimia ambayo ilikuwa 4% (Mchoro 1).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分比为4%（图1）. Kwa upande mwingine, katika ugunduzi wa BGI SARS-CoV-2, asilimia ya jeni ya ORF1a/b yenye thamani ya juu ya Ct (>36 Ct) ni 4% (Mchoro 1). С другой стороны, katika анализе BGI SARS-CoV-2 inapendekeza генов ORF1a/b с высокими значениями Ct (>36 Ct) asilimia 4 (k. 1). Kwa upande mwingine, katika uchanganuzi wa BGI SARS-CoV-2, asilimia ya jeni za ORF1a/b zenye viwango vya juu vya Ct (>36 Ct) ilikuwa 4% (Mchoro 1).
Katika utafiti huu, tulichukua sampuli 164 za nasopharyngeal. Kwa aina zote za majaribio, kutengwa na ukuzaji wa RNA kulifanyika kwa kutumia njia na vifaa vilivyopendekezwa na watengenezaji husika.
Utafiti huu ulionyesha kuwa jaribio la Abbott la SARS-CoV-2 lina utendaji sawa wa ugunduzi kama wa CRS, na upatanisho chanya, hasi na wa jumla wa 100%. Makubaliano ya Cohen ya kappa ni 1.00, yakionyesha makubaliano kamili na CRS. Utafiti sawa na Chuo Kikuu cha Washington nchini Marekani uligundua kuwa unyeti wa jumla na umaalum wa mtihani wa Abbott kwa SARS-CoV-2 ulikuwa 93% na 100%, mtawaliwa, ikilinganishwa na uchunguzi ulioamuliwa na maabara (LDA) wa CDC. . 11. Mfumo wa ugunduzi wa Abbott SARS-CoV-2 unategemea ugunduzi wa pamoja wa jeni za N na RdRp kwa wakati mmoja, kwani jeni zote mbili ni nyeti zaidi, na hivyo kupunguza hasi za uwongo12. Utafiti huko Vienna, Austria pia ulionyesha kuwa kiasi kikubwa cha sampuli za uchimbaji na ujazo wa ugunduzi ulipunguza athari za dilution na kuongeza ufanisi wa utambuzi13. Kwa hivyo, ulinganifu kamili wa Abbott wa jaribio la SARS-CoV-2 unaweza kuhusishwa na mfumo wa ugunduzi wa jukwaa ambao wakati huo huo hutambua jeni zilizounganishwa, kutoa idadi kubwa ya sampuli (0.5 ml), na kutumia kiasi kikubwa cha ufahamu (40 µl).
Matokeo yetu pia yalionyesha kuwa utendaji wa ugunduzi wa jaribio la kijeni la Daan ulikuwa karibu sawa na ule wa CRS. Hii inalingana na utafiti14 uliofanywa katika Chuo Kikuu cha Anhui huko Huainan, Uchina, na madai ya mtengenezaji wa makubaliano chanya ya 100%. Licha ya ripoti za matokeo thabiti, sampuli moja ilikuwa hasi ya uwongo baada ya kujaribu tena majibu sawa, lakini ilikuwa chanya katika majaribio ya Abbott SARS-CoV-2 na Sansure Biotech nCoV-2019. Hii inapendekeza kuwa kunaweza kuwa na utofauti wa matokeo katika aina tofauti za majaribio. Walakini, katika utafiti uliofanywa nchini China15, matokeo ya jaribio la Daan Gene yalikuwa tofauti sana (p <0.05) ikilinganishwa na jaribio lao la marejeleo lililoainishwa na maabara. Walakini, katika utafiti uliofanywa nchini China15, matokeo ya jaribio la Daan Gene yalikuwa tofauti sana (p <0.05) ikilinganishwa na jaribio lao la marejeleo lililoainishwa na maabara. Тем не менее, в исследовании, проведенном katika Китае15, результат анализа Daan Gene значительно отличался (p <0,05) от их лаборалинар. Hata hivyo, katika utafiti nchini China15, matokeo ya uchambuzi wa Daan Gene yalikuwa tofauti sana (p <0.05) na uchanganuzi wao wa marejeleo ya maabara.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着 .）然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着0. Однако в исследовании, проведенном katika Китае15, результаты генетического теста Daan значительно отличались (p <0,05) по сравнеланибенные тестом. Hata hivyo, katika utafiti nchini China15, matokeo ya uchunguzi wa kinasaba wa Daan yalikuwa tofauti sana (p <0.05) ikilinganishwa na uchunguzi wake wa maabara ya kumbukumbu.Tofauti hii inaweza kuwa kwa sababu ya unyeti wa jaribio la marejeleo kugundua SARS-CoV-2, na masomo zaidi yanaweza kuwa muhimu kubaini sababu.
Kwa kuongezea, utafiti wetu ulitathmini utendakazi wa kulinganisha wa jaribio la SARS-CoV-2 BGI na CRS, ikionyesha makubaliano bora ya asilimia chanya (PPA = 97.9%), makubaliano ya asilimia hasi (NPA = 100%), na makubaliano ya jumla ya asilimia kulingana na jinsia ( OPA). ) = 98.8%). Maadili ya Kappa ya Cohen yalionyesha makubaliano mazuri (K = 0.975). Uchunguzi nchini Uholanzi16 na China15 umeonyesha matokeo thabiti. Jaribio la SARS-CoV-2 BGI ni jaribio la ugunduzi wa jeni moja (ORF1a/b) kwa kutumia ukuzaji/ugunduzi wa 10 µl. Licha ya makubaliano mazuri ya kitakwimu na matokeo yetu ya marejeleo, uchanganuzi ulikosa sampuli mbili chanya (1.22%) za jumla ya sampuli. Hii inaweza kuwa na athari kubwa za kimatibabu kwa mienendo ya maambukizi katika viwango vya mgonjwa na jamii.
Uchambuzi mwingine linganishi uliojumuishwa katika utafiti huu ulikuwa jaribio la Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO); asilimia ya mechi kwa ujumla ilikuwa 96.3%. Nguvu ya makubaliano pia iliamuliwa na thamani ya Kappa ya Cohen, ambayo ilikuwa 0.925, ikionyesha makubaliano kamili na CRS. Tena, matokeo yetu yanafanana na tafiti zilizofanywa katika Chuo Kikuu cha Kati Kusini huko Changsha, Uchina, na katika Idara ya Maabara ya Kliniki ya Hospitali ya Watu ya Liuzhou, Jiji la Liuzhou, Uchina17. Ingawa upatanisho mzuri wa takwimu ulio hapo juu ulirekodiwa, jaribio la chi-square (jaribio la MacNemar) lilionyesha kuwa matokeo ya majaribio ya Sansure Biotech yamekuwa na tofauti kubwa ya kitakwimu ikilinganishwa na CRS (p <0.005). Ingawa upatanisho mzuri wa takwimu ulio hapo juu ulirekodiwa, jaribio la chi-square (jaribio la MacNemar) lilionyesha kuwa matokeo ya majaribio ya Sansure Biotech yamekuwa na tofauti kubwa ya kitakwimu ikilinganishwa na CRS (p <0.005). Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макнезей, критерий хи-квадрат) Sansure Biotech имеет статистически значимое различие по сравнению с CRS (p <0,005). Ingawa makubaliano mazuri ya takwimu hapo juu yalirekodiwa, jaribio la chi-square (jaribio la McNemar) lilionyesha kuwa matokeo ya majaribio ya Sansure Biotech yalikuwa na tofauti kubwa ya kitakwimu ikilinganishwa na CRS (p <0.005).尽管记录了上述良好的统计一致性，但卡方检验（MacNemar 检验）表明，Sansure Biotech 检测的结果会相比具有统计学显着差异（p <0.005）.尽管 记录 上述 良好 统计 一致性 , 但 检验 （(macnemar 检验 表明 ， ， sansure biotech 渎测具有 显着 （(p <0.005。。。。。 Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макнемара) показал статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макнемара) показал статистистически значи0,у между анализом Sansure Biotech na CRS. Licha ya makubaliano mazuri ya takwimu yaliyotajwa hapo juu, jaribio la chi-square (jaribio la McNemar) lilionyesha tofauti kubwa ya kitakwimu (p <0.005) kati ya majaribio ya Sansure Biotech na CRS.Sampuli sita (3.66%) zilipatikana kuwa hasi za uwongo ikilinganishwa na CRS (Jedwali la Nyongeza 1); hii ni muhimu sana, hasa kutokana na mienendo ya maambukizi ya virusi. Data iliyo hapo juu pia inasaidia kiwango hiki cha chini cha ugunduzi15.
Katika utafiti huu, thamani za Ct zilibainishwa kwa kila jaribio na jukwaa husika, na thamani ya chini kabisa ya Ct iliyoripotiwa katika jaribio la Abbott SARS-CoV-2. Matokeo haya yanaweza kuwa yanahusiana na mfumo wa uchunguzi wa kijeni wa Abbott kwa wakati mmoja kwa ajili ya kugundua SARS-CoV-2. Kwa hivyo, kulingana na Mchoro 1, 87.6% ya matokeo ya Abbott SARS-CoV-2 yalikuwa na maadili ya Ct chini ya 20. Ni idadi ndogo tu ya matokeo ya sampuli (12.4%) yalikuwa katika safu ya 20-30. Thamani za Ct zaidi ya 30 hazikurekodiwa. Kando na matumizi ya Abbott ya umbizo la upimaji jenetiki la jopo la SARS-CoV-2, matokeo haya yanaweza kuhusishwa na kikomo cha chini cha ugunduzi (nakala 32.5 za RNA/mL) 18, ambacho ni chini mara tatu kuliko kikomo cha chini cha kampuni cha nakala 100 za RNA. /mL. ml) 19.
Utafiti huu una mapungufu: kwanza, hatuna mbinu za kawaida/marejeleo [kama vile wingi wa virusi au vipimo vingine vya maabara (LDA)] kwa sababu ya ukosefu wa rasilimali. Pili, sampuli zote zilizotumiwa katika utafiti huu zilikuwa swabs za nasopharyngeal, wakati matokeo hayakutumika kwa aina nyingine za sampuli, na tatu, ukubwa wa sampuli yetu ilikuwa ndogo.
Utafiti huu ulilinganisha utendakazi wa majaribio manne ya rRT-PCR kwa SARS-CoV-2 kwa kutumia sampuli za nasopharyngeal. Majaribio yote ya ugunduzi yalikuwa na utendakazi unaokaribia kulinganishwa, isipokuwa majaribio ya Sansure Biotech. Kando na hayo, kiwango cha chini cha chanya kilitambuliwa katika jaribio la Sansure Biotech ikilinganishwa na CRS (p <0.05). Kando na hayo, kiwango cha chini cha chanya kilitambuliwa katika jaribio la Sansure Biotech ikilinganishwa na CRS (p <0.05). Кроме того, в тесте Sansure Biotech был выявлен низкий процент положительных результатов по сравнению с CRS (p <0,05). Kwa kuongeza, jaribio la Sansure Biotech lilionyesha asilimia ndogo ya matokeo chanya ikilinganishwa na CRS (p <0.05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p <0.05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p <0.05). Кроме того, анализ Sansure Biotech имел более низкий уровень положительных результатов по сравнению с CRS (p <0,05). Kwa kuongezea, majaribio ya Sansure Biotech yalikuwa na kiwango cha chini cha chanya ikilinganishwa na CRS (p <0.05).Uchambuzi wa Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) wa PPA, NPA na makubaliano ya jumla ulizidi 93.5% kwa nguvu ya makubaliano ya Cohen Kappa ya 0.925. Hatimaye, Uchunguzi wa Sansure Biotech (RUO) unahitaji uthibitisho zaidi kwa matumizi nchini Ethiopia, na utafiti wa ziada unapaswa kuzingatiwa ili kutathmini madai kutoka kwa watengenezaji binafsi.
Usanifu linganishi wa utafiti ulifanyika katika vituo vinne vya afya huko Addis Ababa, Hospitali ya Eka Kotebe, Kituo cha Tiba cha Kanisa la Milenia, Hospitali ya Kumbukumbu ya Zewooditu, na Hospitali ya Mtaalamu wa Kifua Kikuu cha St. Data ilikusanywa kati ya tarehe 1 na 31 Desemba 2020. Vifaa vya matibabu kwa ajili ya utafiti huu vilichaguliwa kimakusudi kulingana na idadi yao ya juu ya kesi na upatikanaji wa vituo vikuu vya matibabu jijini. Vile vile, zana, ikiwa ni pamoja na ABI 7500 na Abbott m2000 za muda halisi za PCR, zilichaguliwa kulingana na mapendekezo ya watengenezaji vitendanishi vya NAAT, na vifaa vinne vya kugundua PCR vilichaguliwa kwa ajili ya utafiti huu, kwani maabara nyingi nchini Ethiopia zilitumia angalau. wanne wao. Jaribio la jeni, jaribio la Abbott SARS-CoV-2, jaribio la Sansure Biotech, na jaribio la SARS-CoV-2 BGI lililofanywa wakati wa utafiti).
Upimaji wa SARS-CoV-2 ulifanyika kuanzia tarehe 1 hadi 30 Desemba 2020 kwa kutumia ml 3 za Viral Transport Medium (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, China) kutoka kwa watu wanaochunguzwa kwa COVID-19 waliorejelewa EPHI. Sampuli za nasopharyngeal zilikusanywa na watoza sampuli waliofunzwa na kutumwa kwa EPHI katika pakiti tatu. Kabla ya kutengwa kwa asidi ya nucleic, kila sampuli hupewa nambari ya kipekee ya utambulisho. Uchimbaji unafanywa kutoka kwa kila sampuli mara tu unapowasili kwa kutumia njia za mikono na za uchimbaji otomatiki. Kwa hivyo, kwa uchimbaji wa kiotomatiki wa Abbott m2000, 1.3 ml (pamoja na ujazo wa 0.8 ml na ujazo wa ghuba ya 0.5 ml) ya sampuli ilitolewa kutoka kwa kila sampuli na kupitishwa kupitia Mfumo wa Maandalizi ya Sampuli ya Abbott (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, Marekani). ) Kundi la 96 [sampuli 92, vidhibiti viwili vya ugunduzi na vidhibiti viwili visivyo vya violezo (NTC)] vilijumuishwa katika mchakato wa jumla (kurejesha na kugundua) wa raundi mbili za SARS-CoV-2 (EUA) kwa wakati halisi. uchimbaji madini. Vile vile, kwa uchimbaji wa mwongozo, tumia sampuli sawa (kwa uchimbaji wa moja kwa moja na ugunduzi). Kwa hivyo, katika mchakato mzima, sampuli 140 µl zilinukuliwa na kutolewa kwa kutumia QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, Ujerumani) katika bati 24 (pamoja na sampuli 20, vidhibiti viwili vya majaribio na NTC mbili) kwa raundi tisa. Eluate zilizotolewa kwa mikono zilikuzwa na kugunduliwa kwa kutumia kiendesha baisikeli cha joto cha ABI 7500 kwa kutumia kipimo cha SARS-CoV-2 BGI, jaribio la Daan Gene, na jaribio la Sansure Biotech.
Kutenga na kusafisha kiotomatiki kwa RNA ya virusi vya SARS-CoV-2 hufuata kanuni ya ushanga wa sumaku kwa kutumia vitendanishi vya utayarishaji wa sampuli ya DNA ya Abbott. Uzinduzi wa sampuli na ujumuishaji wa chembe za virusi unafanywa kwa kutumia sabuni iliyo na guanidine isothiocyanate ili kugeuza protini na kuzima RNase. RNA kisha hutenganishwa na protini kwa utengano wa awamu dhabiti kwa kutumia silika, yaani, chumvi ya guanidinium na pH ya alkali ya bafa ya lysis, hukuza kumfunga kwa asidi nucleic kwenye silika (SiO2). Hatua ya suuza huondoa protini zilizobaki na uchafu ili kutoa suluhisho wazi. RNA ya uwazi imetengwa kutoka kwa chembe ndogo za silika kwa kutumia uga wa sumaku wa chombo20,21. Kwa upande mwingine, kutengwa kwa mwongozo na utakaso wa RNA unafanywa na njia ya safu ya spin kwa kutumia centrifugation badala ya kusimama magnetic na kujitenga kwa microparticles kutoka kwa eluent.
Jaribio la Kugundua la Abbott la Wakati Halisi la SARS-CoV-2 (Abbott Molecular, Inc.) lilifanywa kulingana na maagizo ya mtengenezaji, ambayo yalipokea EUA19,22 kutoka kwa WHO na FDA. Katika itifaki hii, uzima wa sampuli kabla ya uchimbaji ulifanywa katika umwagaji wa maji kwa 56 ° C kwa dakika 30. Baada ya kuamilishwa kwa virusi, uchimbaji wa asidi ya nukleiki ulifanyika kwenye chombo cha Abbott m2000 SP kutoka 0.5 ml VTM kwa kutumia mfumo wa utayarishaji wa sampuli ya DNA ya Abbott m2000. kulingana na mtengenezaji. Ukuzaji na utambuzi ulifanywa kwa kutumia kifaa cha Abbott m2000 RT-PCR, na ugunduzi wa aina mbili ulifanyika kwa jeni za RdRp na N. ROX) na VIC P (rangi inayomilikiwa) kwa ajili ya kulenga na kutambua udhibiti wa ndani, kuruhusu ugunduzi wa wakati mmoja wa bidhaa zote za ukuzaji 19 .
Mbinu ya kutambua ukuzaji wa kifaa hiki inategemea teknolojia ya RT-PCR ya hatua moja. Jeni za ORF1a/b na N zilichaguliwa kama maeneo yaliyohifadhiwa na Teknolojia ya Daan Gene ili kugundua ukuzaji wa eneo lengwa. Vianzilishi mahususi na vichunguzi vya fluorescent (vichunguzi vya jeni N vilivyo na alama za FAM, ORF1a/b vilivyoandikwa VIC) vimeundwa ili kugundua SARS-CoV-2 RNA katika sampuli. Michanganyiko ya mwisho ya ufasaha na bora ilitayarishwa kwa kuongeza 5 µl ya ufahamu hadi 20 µl ya mchanganyiko mkuu hadi ujazo wa mwisho wa 25 µl. Ukuzaji na ugunduzi ulifanyika kwa wakati mmoja kwenye kifaa cha muda halisi cha PCR cha ABI 750024.
Jeni za ORF1a/b na N ziligunduliwa kwa kutumia Sansure Biotech nCoV-2019 Nucleic Acid Diagnostic Kit (ugunduzi wa PCR wa fluorescent). Tayarisha uchunguzi mahususi kwa kila jeni lengwa kwa kuchagua chaneli ya FAM ya eneo la ORF1a/b na chaneli ya ROX ya jeni N. Kwa seti hii ya majaribio, vitendanishi rahisi na bora vya mchanganyiko huongezwa kama ifuatavyo: tayarisha kitendanishi kikuu cha 30 µl na sampuli 20 µl zilizotolewa ili kugunduliwa/kukuza. PCR ABI 750025 ya wakati halisi ilitumika kwa ukuzaji/ugunduzi.
Jaribio la SARS-CoV-2 BGI ni kifaa cha umeme cha wakati halisi cha rRT-PCR kwa utambuzi wa COVID-19. Eneo linalolengwa liko katika eneo la ORF1a/b la jenomu ya SARS-CoV-2, ambayo ni mbinu ya kutambua jeni moja. Kwa kuongezea, jeni la utunzaji wa nyumba la binadamu β-actin ni jeni lengwa linalodhibitiwa ndani. Mchanganyiko mkuu hutayarishwa kwa kuchanganya 20 µl ya kitendanishi kikuu cha mchanganyiko na 10 µl ya sampuli ya RNA iliyotolewa kwenye sahani ya kisima26. ABI 7500 kifaa cha kupima umeme cha wakati halisi cha PCR kilitumika kwa ukuzaji na kutambua. Ukuzaji wote wa asidi nucleic, hali ya uendeshaji wa PCR kwa kila kipimo, na tafsiri ya matokeo ilifanywa kulingana na maagizo ya mtengenezaji husika (Jedwali 3).
Katika uchanganuzi huu wa kulinganisha, hatukutumia mbinu ya kiwango cha marejeleo ili kubainisha makubaliano ya asilimia (chanya, hasi, na ya jumla) na vigezo vingine vya ulinganisho kwa uchanganuzi nne. Kila ulinganisho wa jaribio ulifanywa na CRS, katika utafiti huu CRS iliwekwa na sheria "yoyote chanya" na matokeo yalibainishwa, si kwa jaribio moja, tulitumia angalau matokeo mawili yaliyolingana. Kwa kuongezea, katika kesi ya maambukizi ya COVID-19, matokeo hasi ya uwongo ni hatari zaidi kuliko matokeo chanya ya uwongo. Kwa hivyo, ili kusema "chanya" kwa usahihi iwezekanavyo kutokana na matokeo ya CRS, angalau majaribio mawili ya majaribio lazima yawe chanya, kumaanisha kwamba angalau tokeo moja chanya kuna uwezekano wa kutoka kwenye jaribio la EUA. Kwa hivyo, kati ya matokeo manne ya mtihani, matokeo mawili au zaidi ya mtihani ambayo hutoa matokeo sawa yanachukuliwa kuwa chanya au hasi18,27.
Data ilikusanywa kwa kutumia fomu zilizopangwa za uchimbaji wa data, uingizaji na uchanganuzi wa data ulifanywa kwa kutumia programu ya takwimu ya Excel na toleo la SPSS 23.0 kwa takwimu za maelezo. Makubaliano chanya, hasi na ya jumla yalichanganuliwa, na alama ya Kappa ilitumiwa kubainisha kiwango cha makubaliano ya kila mbinu na CRS. Maadili ya Kappa yanafasiriwa kama ifuatavyo: 0.01 hadi 0.20 kwa makubaliano madogo, 0.21 hadi 0.40 kwa makubaliano ya jumla, 0.41-0.60 kwa makubaliano ya wastani, 0.61-0.80 kwa makubaliano makubwa na 0.81-0.99 kwa makubaliano kamili28.
Kibali cha kimaadili kilipatikana kutoka Chuo Kikuu cha Addis Ababa na itifaki zote za majaribio za utafiti huu ziliidhinishwa na Bodi ya Mapitio ya Maadili ya Kisayansi ya Taasisi ya Afya ya Jamii ya Ethiopia. Nambari ya marejeleo ya Leseni ya Maadili ya EPHI ni EPHI/IRB-279-2020. Mbinu zote zilitumika kwa mujibu wa mapendekezo na masharti ya Mwongozo wa Kitaifa wa Ethiopia wa Matibabu ya COVID-19. Aidha, ridhaa iliyoandikwa ilipatikana kutoka kwa washiriki wote wa utafiti kabla ya kushiriki katika utafiti.
Data zote zilizopatikana au kuchambuliwa katika utafiti huu zimejumuishwa katika makala hii iliyochapishwa. Data inayounga mkono matokeo ya utafiti huu inapatikana kutoka kwa mwandishi husika kwa ombi linalofaa.
Shirika la Afya Ulimwenguni. Mapendekezo ya Mikakati ya Upimaji wa Maabara ya COVID-19: Mwongozo wa Muda, Machi 21, 2020 Nambari ya WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, Utambuzi mahiri wa KI COVID-19 katika Idara ya Dharura: Zote Katika Mazoezi. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, Utambuzi mahiri wa KI COVID-19 katika Idara ya Dharura: Zote Katika Mazoezi.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. na Gurgulianis, KI Utambuzi wa akili wa COVID-19 katika idara ya dharura: kila kitu kifanyike.Muliou DS, Pantazopoulos I. na Gurgulyanis KI Utambuzi wa akili wa COVID-19 katika idara za dharura: ushirikiano wa mwisho hadi mwisho katika mazoezi. Mtaalam Mchungaji Respire. dawa. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. Tathmini ya Kitambulisho cha COVID19 SASA jaribio la EUA. Mitchell, SL & St George, K. Tathmini ya Kitambulisho cha COVID19 SASA jaribio la EUA.Mitchell, SL na St. George, K. Tathmini ya Kitambulisho cha COVID19 SASA majaribio ya EUA.Mitchell SL na St. George K. Tathmini ya tathmini ya Kitambulisho cha COVID19 SASA EUA. J. Kliniki. Virusi. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
WHO. Ugunduzi wa maabara wa ugonjwa wa coronavirus 2019 (COVID-19) katika ugonjwa unaoshukiwa wa binadamu. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (ilipitiwa tarehe 15 Agosti 2020) (WHO, 2020).
Udugama, B. et al. Utambuzi wa COVID-19: Magonjwa na Zana za Kupima. ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Syed S. et al. Kuanzishwa kwa Chuo cha Wanapatholojia cha Mashariki, Kati na Kusini mwa Afrika - Shule ya Kanda ya Patholojia ya Mashariki ya Kati na Afrika Kusini. Afrika. Maabara ya J. dawa. 9(1), 1-8 (2020).
Taasisi ya Ethiopia ya Afya ya Umma, Wizara ya Afya ya Shirikisho. Mkakati wa Kitaifa wa Muda na Mwongozo wa Utambuzi wa Maabara wa COVID-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (ilipitiwa tarehe 12 Agosti 2020) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Vipimo visivyo vya kweli vya changamoto na athari za maambukizo ya SARS-CoV-2. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Vipimo visivyo vya kweli vya changamoto na athari za maambukizo ya SARS-CoV-2.Voloshin S., Patel N. na Kesselheim AS Vipimo visivyo vya uwongo vya maambukizo ya SARS-CoV-2 na matokeo yake.Voloshin S., Patel N. na Kesselheim AS Vipimo visivyo vya uwongo vya uchochezi na athari za maambukizi ya SARS-CoV-2. N. eng. J. Dawa. 383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Kesi za uwongo na hasi za COVID-19: Mikakati ya kuzuia na kudhibiti upumuaji, chanjo na mitazamo zaidi. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Kesi za uwongo na hasi za COVID-19: Mikakati ya kuzuia na kudhibiti upumuaji, chanjo na mitazamo zaidi. Mouliou, DS na Gourgoulianis, KI Ложноположительные na ложноотрицательные kupambana na COVID-19: респираторная профилактика na стратегии лечения, ваиякиша перспективы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Kesi zisizo za kweli na chanya za uwongo za COVID-19: mikakati ya kuzuia kupumua na matibabu, chanjo na njia ya kusonga mbele.Muliu, DS na Gurgulianis, KI Kesi za uwongo na hasi za uwongo za COVID-19: mikakati ya kuzuia na matibabu ya kupumua, chanjo na njia ya kusonga mbele. Mtaalam Mchungaji Respire. dawa. 15(8), 993–1002 (2021).
Utambuzi wa Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. COVID-19 katika idara ya dharura: Kuona mti lakini kupoteza msitu. Utambuzi wa Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. COVID-19 katika idara ya dharura: Kuona mti lakini kupoteza msitu.Mouliou, DS, Ioannis, P. na Konstantinos, G. Utambuzi wa COVID-19 katika Idara ya Dharura: Tazama Mti, Poteza Msitu.Muliou DS, Ioannis P., na Konstantinos G. Utambuzi wa COVID-19 katika Vyumba vya Dharura: Msitu wa Kutosha kwa Miti. Kuonekana. dawa. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al. Uthibitishaji na Uthibitishaji wa Utendaji wa Kichanganuzi na Kitabibu wa Uchunguzi wa Abbott RealTime SARS-CoV-2. J. Kliniki. Virusi. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Kulinganisha seti tano za awali kutoka sehemu tofauti za genome za COVID-19 ili kugundua maambukizi ya virusi kwa kutumia RT-PCR ya kawaida. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Ulinganisho wa seti tano za awali kutoka maeneo tofauti ya genome ya COVID-19 ili kugundua maambukizi ya virusi kwa RT-PCR ya kawaida.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. na Aflatunyan, B. Ulinganisho wa seti tano za viasili kutoka maeneo mbalimbali ya jenomu ya COVID-19 kwa ajili ya kugundua maambukizi ya virusi kwa kutumia RT-PCR ya kawaida. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较來自COVID-19 不同基因组区域的个引迩组检测病毒感染. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Ulinganisho wa maeneo 5 tofauti ya kijeni ya COVID-19 kwa kutambua maambukizi ya virusi na RT-PCR ya kawaida.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. na Aflatunyan B. Ulinganisho wa seti tano za vianzio kutoka maeneo tofauti ya genome ya COVID-19 ili kugundua maambukizi ya virusi kwa kutumia RT-PCR ya kawaida.Iran. J. Microbiology. 12(3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. Matokeo ya awali ya mpango wa kitaifa wa kutathmini ubora wa nje wa ugunduzi wa mfuatano wa genome wa SARS-CoV-2. J. Kliniki. Virusi. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Tathmini ya Kichanganuzi ya Ufanisi wa Vifaa Vitano vya RT-PCR kwa Ugonjwa Mkali wa Kupumua kwa Virusi vya Korona 2. J. Kliniki. maabara. mkundu. 35(1), e23643 (2021).
Wang B. et al. Tathmini ya vifaa saba vinavyopatikana kibiashara vya SARS-CoV-2 RNA nchini Uchina kulingana na mmenyuko wa wakati halisi wa polymerase (PCR). kiafya. Kemikali. maabara. dawa. 58(9), e149–e153 (2020).
van Casteren, PB na wenzake. Ulinganisho wa vifaa saba vya uchunguzi vya RT-PCR COVID-19 vya kibiashara. J. Kliniki. Virusi. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, na al. Ulinganisho wa utendaji wa uchunguzi wa vifaa viwili vya PCR kwa kugundua asidi ya nucleic ya SARS-CoV-2. J. Kliniki. maabara. mkundu. 34(10), e23554 (2020).
Lefart, PR, n.k. Utafiti wa kulinganisha wa mifumo minne ya majaribio ya ukuzaji wa asidi ya nukleiki ya SARS-CoV-2 (NAAT) ulionyesha kuwa utendakazi wa ID SASA ulikuwa duni kwa kiasi kikubwa kulingana na mgonjwa na aina ya sampuli. utambuzi. biolojia. Ambukiza. diss. 99(1), 115200 (2021).
Molekuli ya Abbott. Ingizo la kifurushi cha uchambuzi cha SARS-CoV-2 cha wakati halisi cha Abbott. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (Kuanzia tarehe 10 Agosti 2020) (2020).
Klein, S. et al. SARS-CoV-2 RNA kutengwa kwa kutumia shanga sumaku kwa ugunduzi wa haraka wa kiwango kikubwa na RT-qPCR na RT-LAMP. Virusi 12(8), 863 (2020).